このサイト「Protein GL」はタンパク質の立体構造を可視化するものです。
左上のformに、PDBIDを入れてください。
ちなみに、topの「1ABW」はヘモグロビンです。
具体的な処理は、PDBファイルからアミノ酸のα炭素の３次元座標を抽出し、その座標の場所に球を表示しています。
その後、N末端からC末端にかけて、順に色を変更しています。
３次元座標の抽出条件は以下の通りです。
・原子(ATOM)のα炭素(CA)の座標
・主鎖A(Chain A)の全て
・MODELが複数ある場合はMODEL1のみ
・原子がブレて２つ記載されている場合は１つ目のみ
以下、その他備考。
・座標抽出プログラム : 「Read_Amin_XYZ」
・技術紹介 : 「Three.jsチュートリアルで見て楽しむタンパク質」
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